As suas origens permanecem ainda algo discutíveis, apesar dos estudos biográficos muito completos da autoria de Armando Cortesão e de Avelino Teixeira da Mota. Segundo um estudo de António-Paulo Ubieta Artur, o cosmógrafo João Baptista Lavanha, teria nascido em Lisboa, cerca de 1555, com proveniência numa família genovesa e judaica, contudo, viria a merecer a confiança de D. Filipe II de Espanha, D. Filipe I de Portugal, que o nomeou Engenheiro de Portugal em 1586, e Cosmógrafo-mor do reino de Portugal em 1591. Estudos mais recentes situam o seu nascimento por volta de 1550.
João Baptista Lavanha é dotado de uma mentalidade multifacetada nos domínios mais diversificados do conhecimento, e as suas competências nas ciências matemáticas, valeram-lhe um lugar privilegiado na Academia Real de Matemática de Madrid, sendo de realçar o seu percurso notável nos contributos científicos que doou ao campo da ciência náutica e da arquitetura naval, como nos deixa testemunhada a sua vasta obra. Em 1595 escreveu o «Regimento Nautico», o «Tratado da gnomónica», e «Tratado do astrolábio». Em 1598 compôs as «Taboas do lugar do Sol» e «Largura do Leste e Oeste com hum instrumento de duas lâminas representado nelas duas agulhas de grãos com amostrador e agulha». Uma referência notável no contexto da construção naval é o «Livro Primeiro da Architectura Naval», cuja descoberta esteve a cargo de Césareo Fernandez Duro, no ano de 1880, na biblioteca da «Real Academia de la Historia de Madrid», vindo a ser publicado pela primeira vez, em 1965, graças a João da Gama Pimentel Barata. Produziu ainda outras obras no campo da náutica, geografia e cosmografia, onde se destacam a «Descripción del Universo», que consta de uma carta de Geometria e Cosmografia, do ano de 1613, o «Compêndio de Geografia» de 1612, a «Relação do Porto do Senegal», anterior a 1600, o «Roteiro das Ilhas Primeiras e Angoche», o «Roteiro da Carreira da Índia», em 1600, o «Regimento do instrumento para saber a altura a qualquer hora», o «Regimento de Gaspar Jorge do Couto» e o «Regimento da Costa do Cabo Negro», em 1608.
O espírito engenhoso e científico estão presentes em João Baptista Lavanha, no sentido interdisciplinar que busca entre a Arte, a Aritmética e a Geometria, como se pode constatar numa passagem da sua obra sobre a construção naval: «Porque della so tomão preceitos as outras Artes, ella só dá razão das obras que ellas fazem so busca e descobre nellas cousas maravilhosas e ascondidas e so ella se aproveita de sciencias certas que são a Arithmetica e a Geometria, sem as quaes he toda Arte uil e de pouco preço…». Pode-se afirmar que os princípios da engenharia naval germinavam na sua filosofia industrial, quando relevou que a «Fabrica he uma continua e costumada meditação do exercício, posta em pratica com as mãos… as cousas fabricadas com proporção e industria.» Esta postura torna-se ainda mais evidente, no destaque que João Baptista Lavanha confere ao Desenho Técnico, como ferramenta fundamental na condução do projeto de construção naval, em consonância com os outros saberes da Matemática: «he mais necessário que saiba traçar e debuxar e tenha algua noticia de Astronomia e muita da Arithmetica, da Geometria e da Mechanica que sam partes da Mathematica…».
A utilização de modelos é uma inovação introduzida por Lavanha que argumentou favoravelmente a adopção deste procedimento na construção naval. É bastante interessante a descrição que faz sobre a preponderância do modelo e a virtude das suas três dimensões: «He esta parte agradauel (Perspectiua) e para que se ueja debuxado todo o edifício em papel, muy necessária, Mas milhor o representa, o Modello, o qual he a perfeita imagem de todas as partes da obra. Costuma se fazer de madeira, de geso, de Barro, de Cera e de Cartão E nelle estão compreendidas todas as outras quatro Partes, porque no Modello se ue, a Planta, a Montra, o Perfil e a Perspectiua.» E sublinhou as vantagens do modelo na perspectiva da sua componente económica, critério fundamental em todo o processo do projeto de engenharia: «E ultimamente o que mais importa obrará de madeira um Modello della, no qual conheçerá milhor as faltas que na imaginação e asi emmendadas o acabará para que por elle se faça com muita perfeição… Mas como o Modello custe tempo e dinheiro ha se por mal gastada a despesa de ambos e não se faz consideração do muito que importa a fabrica de uma Nao da India, para com cem cruzados mais (que he o que pode custar o seu modello) fazer se acertada e sem erros». João Baptista Lavanha reverteu para os seus desenhos, todos os componentes do projeto da arquitetura naval, onde se releva o conceito de escala, presente em alguns deles.
No contexto da preparação científica do arquiteto naval, recorreu a uma definição de Lião Baptista Alberti e anotou que: «he necessario que dotado de agudo engenho, de conselho maduro, e de prudência, seja muy estudioso e ornado de singulares partes, das quaes serão as principaes o Debuxo, e das Mathematicas, a Perspectiua, a Arithmetica, a Geometria, a Astronomia, e a Mechanica». Era bem patente no pensamento de João Baptista Lavanha, o domínio multidisciplinar das matérias intrínsecas ao exercício das competências da arquitetura e engenharia naval.
Como cosmógrafo-mor, ainda se debruçou ativamente sobre o posicionamento das Ilhas Molucas, relativamente ao meridiano de nascente do Tratado de Tordesilhas, com um parecer bem fundamentado, na época em que a determinação exata da longitude era ainda desconhecida. Apesar da união das coroas Ibéricas, objetou argumentos ao cosmógrafo-mor das Índias Ocidentais, Andrés García de Cespedes, com o rigor que o estado do conhecimento permitia, como se pode testemunhar: «A ilha de Zebu fica no meridiano da costa ocidental da ilha de Gilolo e de Malaca a Zebu são 18 graus e meio e portanto do meridiano da demarcação da dita ilha de Gilolo os 178 graus e 20 minutos que são do mesmo meridiano a Zebu, que para os 180 graus compreendidos no Hemisfério Oriental da Coroa de Portugal, faltam 1 grau e 40 minutos e portanto outros tantos ficam dentro do dito Hemisfério da ilha de Gilolo. Mas as ilhas Molucas estão a Poente da costa ocidental de Gilolo quase 2 graus, logo as ilhas Molucas ficam mais de três graus dentro da demarcação de Portugal». Para comprovação das suas posições sugeriu, em 1611, um processo para determinação de longitudes, baseado na observação experimental dos eclipses da Lua, sustentado na seguinte metodologia: «Pelo qual considero todas estas dificuldades e diversidade de opiniões que há neste caso, me parece que para averiguar esta tão antiga pendência entre as duas Coroas e fazer a Magestade uma obra digna da Sua Real grandeza, tanto e mais assinalada da que fiz com as Tábuas Astronómicas que seria mui conveniente ao Real serviço de V. Magestade enviar à Índia Oriental um Castelhano e um Português destros na arte de navegar e em observar eclipses para que os observem em Moçambique, Goa, Malaca, Molucas e Japão. E outros dois Castelhano e Português que fossem às Índias Ocidentais, em Cartagena, Havana, México, Acapulco e Filipinas observassem os mesmos ou outros eclipses e uns e outros fossem observados em Madrid, em Lisboa e em Sevilha… e exatamente se averiguaria a posição das ilhas Molucas».
João Baptista Lavanha foi um português que impulsionou a ciência náutica do seu tempo, com particular focalização na arquitetura e construção naval, detentor de um caráter científico firmemente alicerçado numa rede multidisciplinar de conhecimento, germinada no rigor das ciências Matemáticas.